{
  "description": null,
  "_filename": "ExampleScenario-NlpPipelineAmandaAlzheimer.json",
  "package_name": "de.medizininformatikinitiative.kerndatensatz.dokument",
  "date": "2026-09-13T16:31:21+00:00",
  "publisher": "NUM-DIZ",
  "instance": [ {
    "name": "Originaldokument (Amanda_Alzheimer.docx)",
    "extension": [ {
      "url": "http://hl7.org/fhir/5.0/StructureDefinition/extension-ExampleScenario.instance.content",
      "valueReference": {
        "reference": "DocumentReference/AmandaAlzheimerOriginalDokument"
      }
    } ],
    "resourceId": "AmandaAlzheimerOriginalDokument",
    "description": "Ausgangspunkt der Kette: `Amanda_Alzheimer.docx` (`application/vnd.openxmlformats-officedocument.wordprocessingml.document`, `attachment.creation` 2028-02-06). NLP-Verarbeitungsstatus `unprocessed`; kein `relatesTo`. Verweist auf die Patientin (`subject`) und den Einrichtungskontakt (`context.encounter`).",
    "resourceType": "DocumentReference"
  }, {
    "name": "Klartext-Dokument (Amanda_Alzheimer.txt)",
    "extension": [ {
      "url": "http://hl7.org/fhir/5.0/StructureDefinition/extension-ExampleScenario.instance.content",
      "valueReference": {
        "reference": "DocumentReference/AmandaAlzheimerKlartextDokument"
      }
    } ],
    "resourceId": "AmandaAlzheimerKlartextDokument",
    "description": "Ergebnis der Klartext-Extraktion: `Amanda_Alzheimer.txt` (`text/plain`, `attachment.creation` 2028-02-06). Status `preprocessed`, `format-change`; `relatesTo.transforms` → Originaldokument. Verweist weiterhin auf die Patientin und den Einrichtungskontakt.",
    "resourceType": "DocumentReference"
  }, {
    "name": "De-identifiziertes Dokument (De-ID.txt)",
    "extension": [ {
      "url": "http://hl7.org/fhir/5.0/StructureDefinition/extension-ExampleScenario.instance.content",
      "valueReference": {
        "reference": "DocumentReference/AmandaAlzheimerDeIdentifiziertesDokument"
      }
    } ],
    "resourceId": "AmandaAlzheimerDeIdentifiziertesDokument",
    "description": "Ergebnis der De-Identifikation: `De-ID.txt` (`text/plain`). Status `preprocessed`, `format-change`, `surrogated`; `relatesTo.transforms` → Klartext-Dokument. Ohne `subject` und ohne `context.encounter` — die identifizierenden Angaben sind durch Surrogate ersetzt, das Ergebnisdokument ist keinem Patientenkontext mehr zugeordnet.",
    "resourceType": "DocumentReference"
  }, {
    "name": "Annotiertes Dokument (Annotat.zip)",
    "extension": [ {
      "url": "http://hl7.org/fhir/5.0/StructureDefinition/extension-ExampleScenario.instance.content",
      "valueReference": {
        "reference": "DocumentReference/AmandaAlzheimerAnnotiertesDokument"
      }
    } ],
    "resourceId": "AmandaAlzheimerAnnotiertesDokument",
    "description": "Ergebnis der semantischen Annotation: `Annotat.zip` (`application/zip`). Status `annotated`, `semantic`, `surrogated`, `preprocessed`, `format-change`; `relatesTo.appends` → de-identifiziertes Dokument, da die Annotationen das Dokument ergänzen und nicht ersetzen. Ebenfalls ohne `subject` und `context.encounter`.",
    "resourceType": "DocumentReference"
  }, {
    "name": "Patientin Amanda Alzheimer",
    "extension": [ {
      "url": "http://hl7.org/fhir/5.0/StructureDefinition/extension-ExampleScenario.instance.content",
      "valueReference": {
        "reference": "Patient/AmandaAlzheimer"
      }
    } ],
    "resourceId": "AmandaAlzheimer",
    "description": "Synthetische Patientin; `subject` des Original- und des Klartext-Dokuments. Ab der De-Identifikation wird sie nicht mehr referenziert.",
    "resourceType": "Patient"
  }, {
    "name": "Einrichtungskontakt",
    "extension": [ {
      "url": "http://hl7.org/fhir/5.0/StructureDefinition/extension-ExampleScenario.instance.content",
      "valueReference": {
        "reference": "Encounter/AmandaAlzheimerEinrichtungskontakt"
      }
    } ],
    "resourceId": "AmandaAlzheimerEinrichtungskontakt",
    "description": "`context.encounter` des Original- und des Klartext-Dokuments und oberster Kontakt der Kontakthierarchie (ohne `partOf`).",
    "resourceType": "Encounter"
  }, {
    "name": "Abteilungskontakt",
    "extension": [ {
      "url": "http://hl7.org/fhir/5.0/StructureDefinition/extension-ExampleScenario.instance.content",
      "valueReference": {
        "reference": "Encounter/AmandaAlzheimerAbteilungskontakt"
      }
    } ],
    "resourceId": "AmandaAlzheimerAbteilungskontakt",
    "description": "Mittlere Ebene der Kontakthierarchie (`partOf` → Einrichtungskontakt); von keiner Dokumentreferenz unmittelbar referenziert.",
    "resourceType": "Encounter"
  }, {
    "name": "Versorgungsstellenkontakt",
    "extension": [ {
      "url": "http://hl7.org/fhir/5.0/StructureDefinition/extension-ExampleScenario.instance.content",
      "valueReference": {
        "reference": "Encounter/AmandaAlzheimerVersorgungsstellenKontakt"
      }
    } ],
    "resourceId": "AmandaAlzheimerVersorgungsstellenKontakt",
    "description": "Unterste Ebene der Kontakthierarchie (`partOf` → Abteilungskontakt); von keiner Dokumentreferenz unmittelbar referenziert.",
    "resourceType": "Encounter"
  } ],
  "jurisdiction": [ {
    "coding": [ {
      "code": "DE",
      "system": "urn:iso:std:iso:3166",
      "display": "Germany"
    } ]
  } ],
  "purpose": "Zeigt, wie das Dokument-Profil und die Extension MII_EX_Dokument_NLP_Processing_Status die Ergebnisdokumente einer NLP-Verarbeitungskette und ihre Beziehungen (relatesTo: transforms, appends) abbilden.",
  "name": "NlpPipelineAmandaAlzheimer",
  "process": [ {
    "step": [ {
      "operation": {
        "name": "Originaldokument übernehmen",
        "type": "Ingestion",
        "number": "1",
        "request": {
          "resourceId": "AmandaAlzheimerOriginalDokument"
        },
        "receiver": "nlp",
        "initiator": "source",
        "description": "Die Pipeline übernimmt das Originaldokument `Amanda_Alzheimer.docx` aus der Dokumentenquelle."
      }
    }, {
      "operation": {
        "name": "Original dokumentieren",
        "type": "Dokumentreferenz ablegen",
        "number": "2",
        "request": {
          "resourceId": "AmandaAlzheimerOriginalDokument"
        },
        "receiver": "repo",
        "initiator": "nlp",
        "description": "Dokumentreferenz auf das Original mit NLP-Verarbeitungsstatus `unprocessed`."
      }
    }, {
      "operation": {
        "name": "Klartext-Extraktion",
        "type": "Preprocessing",
        "number": "3",
        "request": {
          "resourceId": "AmandaAlzheimerOriginalDokument"
        },
        "receiver": "nlp",
        "initiator": "nlp",
        "description": "Automatische Umwandlung in Klartext (`Amanda_Alzheimer.txt`)."
      }
    }, {
      "operation": {
        "name": "Klartext dokumentieren",
        "type": "Dokumentreferenz ablegen",
        "number": "4",
        "request": {
          "resourceId": "AmandaAlzheimerKlartextDokument"
        },
        "receiver": "repo",
        "initiator": "nlp",
        "description": "Dokumentreferenz mit Status `preprocessed, format-change`, `relatesTo.transforms` → Original."
      }
    }, {
      "operation": {
        "name": "De-Identifikation mit Prüfung",
        "type": "De-Identification",
        "number": "5",
        "request": {
          "resourceId": "AmandaAlzheimerKlartextDokument"
        },
        "receiver": "annotators",
        "initiator": "nlp",
        "description": "Automatische Vorannotation identifizierender Angaben, manuelle Kuratierung durch die Annotierenden, danach automatische Ersetzung durch typkonforme Surrogate (`De-ID.txt`)."
      }
    }, {
      "operation": {
        "name": "De-identifiziertes Dokument dokumentieren",
        "type": "Dokumentreferenz ablegen",
        "number": "6",
        "request": {
          "resourceId": "AmandaAlzheimerDeIdentifiziertesDokument"
        },
        "receiver": "repo",
        "initiator": "nlp",
        "description": "Dokumentreferenz mit Status `preprocessed, format-change, surrogated`, `relatesTo.transforms` → Klartext-Dokument."
      }
    }, {
      "operation": {
        "name": "Semantische Annotation",
        "type": "Annotation",
        "number": "7",
        "request": {
          "resourceId": "AmandaAlzheimerDeIdentifiziertesDokument"
        },
        "receiver": "nlp",
        "initiator": "annotators",
        "description": "Semantische Annotation der klinischen Inhalte im Annotationsframework durch die Annotierenden; die Ergebnisdateien werden als `Annotat.zip` zusammengefasst."
      }
    }, {
      "operation": {
        "name": "Annotiertes Dokument dokumentieren",
        "type": "Dokumentreferenz ablegen",
        "number": "8",
        "request": {
          "resourceId": "AmandaAlzheimerAnnotiertesDokument"
        },
        "receiver": "repo",
        "initiator": "nlp",
        "description": "Dokumentreferenz mit Status `annotated, semantic, surrogated, preprocessed, format-change`, `relatesTo.appends` → de-identifiziertes Dokument."
      }
    } ],
    "title": "NLP-Verarbeitung eines Entlassbriefs",
    "description": "Vier Verarbeitungsschritte der NLP-Pipeline (teil- oder vollautomatisch, mit Prüfung durch Annotierende); die FHIR-DocumentReference-Ressourcen dokumentieren nur die Ergebnisse dieser Schritte, kumulieren den NLP-Verarbeitungsstatus und verknüpfen die Ergebnisdokumente über `relatesTo`. Das Dokumentenrepository transformiert nichts — es speichert die Dokumentreferenzen.",
    "preConditions": "Der Entlassbrief `Amanda_Alzheimer.docx` liegt in der Dokumentenquelle vor; Patientin und Einrichtungskontakt sind als FHIR-Ressourcen vorhanden.",
    "postConditions": "Vier Dokumentreferenzen (Original, Klartext, de-identifiziert, annotiert) mit `relatesTo`-Kette und NLP-Verarbeitungsstatus liegen im Repository; die Ergebnisdokumente selbst liegen als Anhang oder Verweis in der jeweiligen Dokumentreferenz."
  } ],
  "type": null,
  "experimental": null,
  "resourceType": "ExampleScenario",
  "title": null,
  "package_version": "2027.0.0-ballot",
  "status": "draft",
  "id": "d53c1a16-5d9a-4da1-8b58-74fdea73a8ad",
  "kind": null,
  "url": "https://www.medizininformatik-initiative.de/fhir/ext/modul-dokument/ExampleScenario/NlpPipelineAmandaAlzheimer",
  "version": "2027.0.0-ballot",
  "contact": [ {
    "name": "NUM-DIZ",
    "telecom": [ {
      "value": "https://www.netzwerk-universitaetsmedizin.de",
      "system": "url"
    } ]
  } ],
  "actor": [ {
    "name": "Dokumentenquelle",
    "type": "entity",
    "actorId": "source",
    "description": "System oder Bestand, aus dem die zu verarbeitenden Dokumente stammen — im Beispiel der synthetische Korpus GraSCCo (Graz Synthetic Clinical text Corpus, DOI 10.5281/zenodo.6539130), aus dem der Entlassbrief `Amanda_Alzheimer.docx` stammt; in der Praxis etwa ein Dokumentenarchiv oder Dokumentenmanagementsystem, ein Krankenhausinformationssystem, eine Forschungsdatenbank oder ein Dateispeicher."
  }, {
    "name": "NLP-Pipeline / Annotationsframework",
    "type": "entity",
    "actorId": "nlp",
    "description": "Werkzeugkette, die die Verarbeitungsschritte teil- oder vollautomatisch ausführt — Klartext-Extraktion, automatische Vorannotation identifizierender Angaben, Ersetzung durch typkonforme Surrogate, semantische Annotation (z. B. Annotationsplattform INCEpTION mit vorgeschalteter NLP-Komponente, vgl. die De-Identifikations-Pipeline des GeMTeX-Projekts) — und für jedes Ergebnisdokument eine Dokumentreferenz erzeugt."
  }, {
    "name": "Annotierende",
    "type": "person",
    "actorId": "annotators",
    "description": "Fachpersonen, die die automatische Vorannotation prüfen und korrigieren (Kuratierung der De-Identifikation) und die semantische Annotation im Annotationsframework vornehmen."
  }, {
    "name": "Dokumentenrepository (FHIR)",
    "type": "entity",
    "actorId": "repo",
    "description": "FHIR-Server, der die Dokumentreferenzen aller Verarbeitungsstufen mit ihren NLP-Verarbeitungsstatus und `relatesTo`-Verknüpfungen ablegt. Das Repository führt keine Transformation aus; es dokumentiert die Ergebnisse der Pipeline."
  } ]
}