description: Die Sequenz-Probe umfasst Angaben zum Sequenzierungsisolat, zum Sequenzierungsprotokoll, zur Sequenzierungsstrategie, zu den Reagenzien der Verarbeitung (Primer-Schemes, die zur Amplicon-Sequenzierung verwendet wurden und die Adapter), sowie das Datum des Probeneingangs und das Probenentnahmedatum. Die IGS-ID (DEMIS-Identifier für die Sequenz), die beim Sequenzupload vergeben wird, wird in der entsprechenden Extension im processing-Element angegeben.
package_name: rki.demis.igs
derivation: constraint
name: SpecimenSequence
abstract: true
type: Specimen
elements:
  meta:
    mustSupport: true
    index: 0
    elements:
      profile:
        mustSupport: true
        pattern: {type: Canonical, value: 'https://demis.rki.de/fhir/igs/StructureDefinition/SpecimenSequence'}
        index: 1
    required: [profile]
  extension:
    index: 2
    slicing:
      rules: open
      discriminator:
      - {path: url, type: value}
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      slices:
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          match: {url: null}
          schema: {isModifier: false, short: Zur Sequenzierung verwendetes Isolat (Laborinterne Nummer/Name/Identifier), type: Extension, mustSupport: true, url: 'https://demis.rki.de/fhir/igs/StructureDefinition/Isolate', index: 3}
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  subject:
    type: Reference
    short: Betroffene Person (anonym)
    refers: ['https://demis.rki.de/fhir/StructureDefinition/NotifiedPersonAnonymous']
    index: 4
  processing:
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      description: {short: Name des Sequenzierungsprotokolls, mustSupport: true, index: 6}
      procedure:
        short: Sequenzierungsstrategie
        binding: {strength: required, valueSet: 'https://demis.rki.de/fhir/igs/ValueSet/sequencingStrategy'}
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        index: 8
        slicing:
          rules: closed
          discriminator:
          - {path: resolve().code.coding, type: value}
          min: null
          slices:
            adapterSubstance:
              match:
                resolve():
                  code: {coding: null}
              schema:
                type: Reference
                short: Adapter, die zur Library preparation verwendet wurden
                mustSupport: true
                refers: ['https://demis.rki.de/fhir/igs/StructureDefinition/AdapterSubstance']
                index: 9
            primerSubstance:
              match:
                resolve():
                  code: {coding: null}
              schema:
                type: Reference
                short: Primer-Schemes, die zur Amplicon-Sequenzierung verwendet wurden
                mustSupport: true
                refers: ['https://demis.rki.de/fhir/igs/StructureDefinition/PrimerSubstance']
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        short: Verarbeitungsdatum z.B. Sequenzierungsdatum
        mustSupport: true
        choices: [timeDateTime]
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      timeDateTime: {type: dateTime, short: Verarbeitungsdatum z.B. Sequenzierungsdatum, mustSupport: true, choiceOf: time, index: 13}
package_version: 4.0.0
extensions:
  isolate: {url: 'https://demis.rki.de/fhir/igs/StructureDefinition/Isolate', min: 0, max: 1, isModifier: false, short: Zur Sequenzierung verwendetes Isolat (Laborinterne Nummer/Name/Identifier), type: Extension, mustSupport: true, index: 3}
class: profile
kind: resource
url: https://demis.rki.de/fhir/igs/StructureDefinition/SpecimenSequence
base: https://demis.rki.de/fhir/StructureDefinition/Specimen
version: 2.0.1
required: [meta, processing]