description: Logische Repräsentation des Erweiterungsmoduls Biobank
package_name: de.medizininformatikinitiative.kerndatensatz.biobank
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name: MII_LM_Biobank
type: https://www.medizininformatik-initiative.de/fhir/ext/modul-biobank/StructureDefinition/LogicalModel/Biobank
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  Bioprobe:
    type: BackboneElement
    short: Details zu einer Bioprobe
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    index: 0
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      Zelllinie_Organoid:
        type: BackboneElement
        short: Beschreibung einer Zelllinie/eines Organoides. Alle Attribute der Bioprobe sind hier ebenfalls anwendbar.
        index: 38
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          Protokoll-Kultur: {type: Reference, short: Kulturprotokoll der Zelllinie/Organoids., index: 48}
          Passage: {type: integer, short: Anzahl der Passagen., index: 45}
          Zellproliferation: {type: CodeableConcept, short: Art der Zellproliferation der Zelllinie/Organoids., index: 44}
          Morphologie: {type: CodeableConcept, short: Morphologie der Zelllinie/Organoids., index: 41}
          Phaenotyp-Diagnose: {type: Reference, short: 'Phänotyp oder Diagnose der Zelllinie / des Organoids, wenn nicht patientenbezogen angebbar.', array: true, index: 39}
          Modifikationen: {type: CodeableConcept, short: 'Optional: Vorgenommene Modifikationen.', array: true, index: 46}
          Wachstumstyp: {type: CodeableConcept, short: Wachstumstyp der Zelllinie/Organoids., index: 43}
          Karyotyp: {type: CodeableConcept, short: Karyotyp der Zelllinie/Organoids., index: 40}
          Kulturbedigungen: {type: CodeableConcept, short: Kulturbedingungen der Zelllinie/Organoids., array: true, index: 49}
          Qualitaetspruefung: {type: CodeableConcept, short: 'Z.B. Viabilität, Test auf Mykoplasmen, Wiederauftaubarkeit / Wiederinkulturnahme.', array: true, index: 47}
          Mutationen: {type: Reference, short: Mögliche Mutationen der Zelllinie/Organoids., array: true, index: 42}
      Pathologiebefund: {type: Reference, short: Referenz auf den zu einer Probe gehörenden Pathologiebefund, index: 37}
      Probenmenge: {type: Quantity, short: Probenmenge, index: 3}
      gehoert-zu: {type: Reference, short: Zuordnung der Probe zu einer Sammlung/Biobank, index: 9}
      Anzahl-Aliqouts: {type: integer, short: Anzahl der Aliqouts., index: 10}
      Container:
        type: BackboneElement
        short: Probenbehältnis
        index: 12
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          Containertyp: {type: CodeableConcept, short: Typ des Containers, index: 13}
          Kapazitaet: {type: Quantity, short: Kapazität des Probencontainers, index: 14}
          VerwendungAdditiv: {type: boolean, short: 'Ja/Nein Angabe, ob ein Zusatzstoff verwendet wurde', index: 15}
          Additiv: {type: CodeableConcept, short: Zusatzstoffe im Container, array: true, index: 16}
      Probenentnahme:
        type: BackboneElement
        short: Informationen zur Entnahme der Probe
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          Entnahme-ID: {type: Identifier, short: Entnahme-ID, index: 18}
          EinstellungBlutversorgung: {type: dateTime, short: Zeitpunkt der Einstellung der Blutversorgung zur Probe. Kann zur Berechnung der warmen Ischaemiezeit verwendet werden., index: 19}
          Entnahmezeitpunkt: {type: dateTime, short: Zeitpunkt der Ent- / Abnahme der Probe. Kann zur Berechnung der kalten Ischaemiezeit verwendet werden., index: 20}
          Entnahmestelle: {type: CodeableConcept, short: 'Lokalisation der Körperstelle, von der die Probe stammt', index: 21}
          Nuechternstatus: {type: CodeableConcept, short: 'Nüchterstatus des:der Patent:in zum Zeitpunkt der Entnahme der Probe. Muss aus dem http://terminology.hl7.org/ValueSet/v2-0916 stammen.', index: 22}
          NuechternstatusDauer: {type: Quantity, short: Zeitliche Dauer der Nüchternheit vor der Probenentnahme, index: 23}
      Verfuegbarkeitsstatus: {type: code, short: Status der Probe / des Materials hinsichtlich der Verfügbarkeit, index: 4}
      Probenart: {type: CodeableConcept, short: Art der Probe; SCT verpflichtend; Beschränkung auf Specimen ValueSet erwünscht., index: 2}
      Verarbeitungsprozess:
        type: BackboneElement
        short: Prozedur der Probenbearbeitung
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          Startzeitpunkt: {type: dateTime, short: Zeitpunkt des Beginns der Probenbearbeitung, index: 25}
          Endzeitpunkt: {type: dateTime, short: Zeitpunkt des Abschlusses der Probenbearbeitung, index: 26}
          Verarbeitungstyp: {type: BackboneElement, short: Prozedur der Probenbearbeitung, index: 27}
          Temperatur: {type: Range, short: Temperatur bei der die Probenverarbeitung stattfand. Angabe exakt oder in Wertebereichen (siehe SPREC), index: 28}
          Modus: {type: CodeableConcept, short: Abhängig vom Verarbeitungstyp - bei Zentrifugation SPREC, index: 29}
          VerwendungAdditive: {type: boolean, short: 'Ja/Nein Angabe, ob ein Zusatzstoff verwendet wurde', index: 30}
          Additiv: {type: CodeableConcept, short: Additive bei der Probenbearbeitung wie Fixationsmittel; Einbettungs- und Eindeckungsmedien, array: true, index: 31}
      Lagerprozess:
        type: BackboneElement
        short: Lagerung einer Probe
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          Einlagerungszeitpunkt: {type: dateTime, short: Zeitpunkt des Beginns der Einlagerung der Probe, index: 33}
          Auslagerungspunkt: {type: dateTime, short: Zeitpunkt des Endes der Einlagerung der Probe, index: 34}
          Lagerungsbedingungen: {type: Range, short: Temperaturbereich in dem die Probe gelagert wurde bzw. wird. Angabe in Wertebereichen wie in SPREC, index: 35}
      FestgestellteDiagnose: {type: Reference, short: Verweis auf eine Diagnose für die Material in der Probe enthalten ist, index: 8}
      Laborbefund: {type: Reference, short: Referenz auf den zu einer Probe gehörenden Laborbefund, index: 36}
      Infektiositaets-Status: {type: CodeableConcept, short: Markiert eine Probe als (potentiell) infektiös., index: 11}
      SonstigeEigenschaften: {type: string, short: Freitextangabe weiterer Probeneigenschaften, index: 6}
      Entstanden-aus: {type: Reference, short: Referenz auf Bioprobe, index: 7}
      Proben-ID: {type: Identifier, short: Einrichtungsinterner Identifier der Probe, index: 1}
      Projektverwendung: {type: string, short: Freitextangabe zur Verwendung der Probe in Projekten, index: 5}
  Probensammlung-Biobank:
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    short: Organisation, die Proben verwaltet
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      Kontakt:
        type: BackboneElement
        short: Kontaktinformationen einer Sammlung/Biobank für Anfragen zu Bioproben
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          Vorname: {type: string, short: Vorname der Ansprechperson, index: 52}
          Nachname: {type: string, short: Nachname der Ansprechperson, index: 53}
          E-Mail: {type: string, short: E-Mailadresse für Anfragen, index: 54}
          Rolle: {type: CodeableConcept, short: Rolle der Ansprechperson in der Sammlung/Biobank, index: 55}
          Adresse: {type: Address, short: Kontaktadresse für Forschungsvorhaben, index: 56}
      Sammlungs-ID: {type: Identifier, short: Interner Identifer der Sammlung/Biobank, index: 57}
      BBMRI-ERIC-ID: {type: Identifier, short: Identifier der Sammlung/Biobank im BBMRI ERIC Netzwerk, index: 58}
      Akronym: {type: string, short: Akronym der Sammlung/Biobank, index: 59}
      Name: {type: string, short: Name der Sammlung/Biobank, index: 60}
      Beschreibung: {type: string, short: Beschreibung der Sammlung/Biobank, index: 61}
      Sammlungstyp: {type: CodeableConcept, short: Typ der Sammlung/Biobank gemäß BBMRI ERIC Directory Werteliste, index: 62}
      besteht-aus: {type: Reference, short: Verknüpfung der Teilsammlungen, array: true, index: 63}
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