description: Die Sequenz umfasst Informationen zu einer biologischen Sequenz, hier DNA-Sequenz. Es kann sich hierbei auch um Sequenzrohdaten oder assemblierte Daten handeln, jeweils mit den dazugehörigen Metadaten (z.B. Datum der Probennahme, Sequenzierungsgerät, Adapter für die Library Preparation, Upload in eine Online-Datenbank (Repositorium), etc.) handeln.
package_name: rki.demis.igs
derivation: constraint
name: Sequence
type: MolecularSequence
elements:
  patient: {index: 8}
  structureVariant: {index: 30}
  repository:
    short: Repositorium, in welches die Sequenz hochgeladen wird
    mustSupport: true
    index: 21
    extensions:
      sequenceUploadDate: {url: 'https://demis.rki.de/fhir/igs/StructureDefinition/SequenceUploadDate', min: 0, max: 1, isModifier: false, short: Datum des Sequenz-Uploads, type: Extension, mustSupport: true, index: 23}
      sequenceUploadSubmitter: {url: 'https://demis.rki.de/fhir/igs/StructureDefinition/SequenceUploadSubmitter', min: 0, max: 1, isModifier: false, short: Verantwortliche/es Person/Labor für den Sequenz-Upload, type: Extension, mustSupport: true, index: 24}
      sequenceUploadStatus: {url: 'https://demis.rki.de/fhir/igs/StructureDefinition/SequenceUploadStatus', min: 1, max: 1, isModifier: false, short: Status des Sequenz-Uploads, type: Extension, mustSupport: true, index: 25}
    elements:
      extension:
        mustSupport: true
        index: 22
        slicing:
          rules: open
          discriminator:
          - {path: url, type: value}
          min: 1
          slices:
            sequenceUploadDate:
              match: {url: null}
              schema: {isModifier: false, short: Datum des Sequenz-Uploads, type: Extension, mustSupport: true, url: 'https://demis.rki.de/fhir/igs/StructureDefinition/SequenceUploadDate', index: 23}
              min: 0
              max: 1
            sequenceUploadSubmitter:
              match: {url: null}
              schema: {isModifier: false, short: Verantwortliche/es Person/Labor für den Sequenz-Upload, type: Extension, mustSupport: true, url: 'https://demis.rki.de/fhir/igs/StructureDefinition/SequenceUploadSubmitter', index: 24}
              min: 0
              max: 1
            sequenceUploadStatus:
              match: {url: null}
              schema: {isModifier: false, short: Status des Sequenz-Uploads, type: Extension, mustSupport: true, url: 'https://demis.rki.de/fhir/igs/StructureDefinition/SequenceUploadStatus', index: 25}
              min: 1
              max: 1
      url: {short: Hyperlink auf die Sequenz im Repositorium, mustSupport: true, index: 26}
      name:
        short: Name des Repositoriums
        binding: {strength: required, valueSet: 'https://demis.rki.de/fhir/igs/ValueSet/repositoryName'}
        mustSupport: true
        index: 27
      datasetId: {short: Identifier der Sequenz im Repositorium, mustSupport: true, index: 28}
    required: [name, extension]
  meta:
    mustSupport: true
    index: 0
    elements:
      profile:
        mustSupport: true
        pattern: {type: Canonical, value: 'https://demis.rki.de/fhir/igs/StructureDefinition/Sequence'}
        index: 1
    required: [profile]
  variant: {index: 17}
  specimen:
    type: Reference
    short: Verweis auf die Sequenz-Probe
    mustSupport: true
    refers: ['https://demis.rki.de/fhir/igs/StructureDefinition/SpecimenSequence']
    index: 9
    elements:
      reference: {mustSupport: true, index: 10}
    required: [reference]
  type:
    short: Typ der Sequenz
    pattern: {type: Code, value: dna}
    mustSupport: true
    index: 7
  extension:
    mustSupport: true
    index: 2
    slicing:
      rules: open
      discriminator:
      - {path: url, type: value}
      min: 1
      slices:
        sequenceAuthor:
          match: {url: null}
          schema: {isModifier: false, short: 'Person/Labor, die/das verantwortlich für die Sequenz ist', type: Extension, mustSupport: true, url: 'https://demis.rki.de/fhir/igs/StructureDefinition/SequenceAuthor', index: 3}
          min: 0
          max: 1
        sequencingReason:
          match: {url: null}
          schema: {isModifier: false, short: Grund der Sequenzierung, type: Extension, mustSupport: true, url: 'https://demis.rki.de/fhir/igs/StructureDefinition/SequencingReason', index: 4}
          min: 0
          max: 1
        sequenceDocumentReference:
          match: {url: null}
          schema: {isModifier: false, short: Referenz auf die Sequenz, type: Extension, mustSupport: true, url: 'https://demis.rki.de/fhir/igs/StructureDefinition/SequenceDocumentReference', index: 5}
          min: 1
  pointer: {index: 29}
  observedSeq: {index: 18}
  identifier: {short: Laboreigener Identifier der Probe, mustSupport: true, index: 6}
  quality: {index: 19}
  device:
    type: Reference
    short: Verweis auf das Sequenziergerät
    mustSupport: true
    refers: ['https://demis.rki.de/fhir/igs/StructureDefinition/SequencingDevice']
    index: 11
    elements:
      reference: {mustSupport: true, index: 12}
    required: [reference]
  quantity: {index: 15}
  referenceSeq: {index: 16}
  performer:
    type: Reference
    short: Verweis auf die Melder-Einrichtung
    mustSupport: true
    refers: ['https://demis.rki.de/fhir/StructureDefinition/NotifierFacility']
    index: 13
    elements:
      reference: {mustSupport: true, index: 14}
    required: [reference]
  readCoverage: {index: 20}
package_version: 4.0.0
extensions:
  sequenceAuthor: {url: 'https://demis.rki.de/fhir/igs/StructureDefinition/SequenceAuthor', min: 0, max: 1, isModifier: false, short: 'Person/Labor, die/das verantwortlich für die Sequenz ist', type: Extension, mustSupport: true, index: 3}
  sequencingReason: {url: 'https://demis.rki.de/fhir/igs/StructureDefinition/SequencingReason', min: 0, max: 1, isModifier: false, short: Grund der Sequenzierung, type: Extension, mustSupport: true, index: 4}
  sequenceDocumentReference: {url: 'https://demis.rki.de/fhir/igs/StructureDefinition/SequenceDocumentReference', min: 1, isModifier: false, short: Referenz auf die Sequenz, type: Extension, mustSupport: true, index: 5}
class: profile
kind: resource
url: https://demis.rki.de/fhir/igs/StructureDefinition/Sequence
base: http://hl7.org/fhir/StructureDefinition/MolecularSequence
version: 3.0.1
required: [device, extension, identifier, specimen, meta, performer]